En 1689, il débute sa carrière de corsaire français et dès 1691, reçoit le commandement d'un navire. Son courage, le respect qu'il a gagné auprès de ses hommes, ainsi que ses victoires contre les Anglais et les Néerlandais au cours des guerres lancées par le Roi Louis XIV l'ont fait rapidement progresser dans la hiérarchie.
D'une famille honorablement connue dans la marine marchande, il était destiné à l'état ecclésiastique, et fit ses études à Rennes et à Caen. Mais son goût pour les plaisirs contrariant les vues de ses parents, on lui permit de s'embarquer en 1689 sur un navire armé en course contre les Anglais et les Hollandais. En 1691, bien qu'il n'eût que 18 ans il reçut de sa famille, en récompense de ses exploit, le commandement d'une frégate de 14 canons. Jeté par une tempête sur la côte d'Irlande, près de Limerick, il s'empara d'un château appartenant au comte de Clarc, et incendie deux navires pris dans la vase. En croisant dans la Manche, il fit de nombreuses prises.
En 1694, il tomba, prés des Sorlingues, au milieu de 6 vaisseaux anglais, soutint pendant quatre heures un combat inégal, et ne se rendit qu'après avoir tout épuisé et reçu une blessure. Emmené captif à Plymouth, il dut la liberté à l'amour d'une jeune Anglaise. Ses nouveaux exploits après son retour en France attirèrent l'attention de Louis XIV, qui le fit entrer dans la marine royale. Tantôt sous les ordres de Nesmond, tantôt seul, il continua de capturer les navires ennemis.
En 1696, il vainquit et fit prisonnier l'amiral hollandais Wassenaer. Pendant la guerre de la succession d'Espagne, il désola les côtes d'Espagne, de Hollande et d'Angleterre.
En 1704 il prit sur les côtes d'Angleterre un vaisseau de guerre de cinquante-quatre canons ainsi que douze vaisseaux marchands. Capitaine de vaisseau en 1706, il attaqua une flotte brésilienne avec 3 vaisseaux, à la hauteur de Lisbonne, flotte du Brésil, qui était chargée de vivres et de munitions pour l'Archiduc et qu'escortaient dix vaisseaux de guerre : le combat dura deux jours.
Duguay-Trouin ne montra plus d'intrépidité, mais des circonstances malheureuses firent échouer ses projets. En 1707, il répara cet échec en s'emparant d'un convoi de 200 voiles, escorté par 6 gros vaisseaux de guerre, succès qui acheva de ruiner en Espagne les affaires de l'archiduc. En 1709, on raconte qu'il a capturé 300 navires marchands et 20 vaisseaux de guerre ou corsaires. Pour le récompenser de ses services, Louis XIV décide de l'anoblir.
De toutes les expéditions de Duguay-Trouin, la plus célèbre est la prise de Rio de Janeiro en 1711). Les fortifications de cette place paraissaient inexpugnables. En onze jours elles furent toutes enlevées. Il forcera la ville à payer de lourdes rançons et à libérer 1000 prisonniers français.
En 1715, il fut nommé chef d'escadre, membre du conseil des Indes en 1723, et en 1728 lieutenant général. En 1731, il reçut de Louis XV le commandement d'une escadre destinée à soutenir les intérêts du commerce, menacés par les Barbaresques et réprima les corsaires de Tunis. Ce fut là son dernier fait d'armes. Ses infirmités l'obligèrent bientôt à se retirer.
